국회에서 여야합의 만장일치로 의결된(1999.12.16.)「제주4.3사건 진상규명 및 희생자명예회복에 관한 특별법」에 의거하여, 국무총리를 포함한 정부 각료 등 당연직 8명과 유족 대표, 학자, 변호사, 군 장성 출신, 시민단체 대표 등 위촉직 민간인 12명 등 모두 20명의 각계 인사로 ‘제주4‧3사건 진상규명 및 희생자명예회복위원회’가 구성되었다.

동 「제주4.3특별법」에 정한 기구(위원회, 기획단, 상근 진상조사팀 등)에서 2년 6개월의 법정(法定) 조사기간(2000.9.~2003.2.)동안 심도 있는 조사를 통해 보고서가 작성되었고 보고서 채택(2003.3.29.)후에도 공정성과 객관성 확보를 위해 추가 6개월(2003.5.~9.)동안 수정의견을 접수 받았으며 이 최종 수정안을 국무총리가 주재하는 위원회 전체회의에서 심의 의결(2003.10.15.)함으로써 [제주4.3사건 진상조사보고서]가 최종 확정된 것이다.

이에 4.3위원회는 진상조사보고서 결론을 토대로 대통령에게, 이 사건으로 무고한 희생이 발생된 데 대한 정부의 사과와 희생자 명예회복, 그리고 추모사업의 적극적인 추진을 건의하였으며 현직 대통령은 위원회의 건의를 받아들여, 과거 국가권력의 잘못에 대해 사과 표명하였다.

즉, 「제주4.3사건에 대한 대통령 발표문(2003.10.31.)」과  「제주4.3위령제 추도사(2006.4.3.)」는 불법하게 행사된 국가권력에 의해 저질러진 잘못과 일탈에 대해, 국가가 해야 할 최소한의 도리로써 대통령으로서 국가를 대표하여 사과한 것으로, 대한민국 정부 공식입장이다.  

정부의 공식 조사보고서인 '제주4.3사건진상조사보고서'(2003)는 <Ⅴ.진상조사보고서 결론> 부분(p.533-540)에서 제주4.3의 '정의'와 '집단 인명희생'에 대하여 다음과 같이 기술하고 있다. 

■ 제주4‧3사건은 【1947년 3월 1일 경찰의 발포사건을 기점으로 하여, 경찰‧서청의 탄압에 대한 저항과 단선‧단정 반대를 기치로 1948년 4월 3일 남로당 제주도당 무장대가 무장봉기한 이래 1954년 9월 21일 한라산 금족지역이 전면 개방될 때까지 제주도에서 발생한 무장대와 토벌대간의 무력충돌과 토벌대의 진압과정에서 수 많은 주민들이 희생당한 사건】이라고 정의할 수 있다.

■ 4․3사건에 의한 사망, 실종 등 희생자 숫자를 명백히 산출하는 것은 매우 어렵다. 본 위원회에 신고된 희생자 수는 14,028명이다. 그러나 이 숫자를 4․3사건 전체 희생자 수로 판단할 수는 없다. 아직도 신고하지 않았거나 미확인 희생자가 많기 때문이다. 본 조사에서는 여러 자료와 인구 변동 통계 등을 감안, 잠정적으로 4‧3사건 인명피해를 25,000~30,000명으로 추정했다.

■ 본 위원회에 신고된 희생자의 가해별 통계는 토벌대 75.1%(10,955명), 무장대 12.6%(1,764명), 공란 9%(1,266명) 등으로 나타났다. 가해 표시를 하지 않은 공란을 제외하고, 토벌대와 무장대와의 비율로만 산출하면 86.1%와 13.9%로 대비된다. 이 통계는 토벌대에 의해 80% 이상이 사망했다는 미군 보고서와 그 맥을 같이하고 있다.

■ 특히 10세 이하 어린이(5.8%- 814명)와 61세 이상 노인(6.1% - 860명)이 전체 희생자의 11.9%를 차지하고 있고, 여성의 희생(21.3% - 2,985명)이 컸다는 점에서 남녀노소 가리지 않은 과도한 진압작전이 전개됐음을 알 수 있다.

■ 집단 인명피해 발생 시의 지휘체계를 볼 때,  중산간마을 초토화 등의 강경작전을 폈던 9연대장과 2연대장에게 1차 책임을 물을 수밖에 없다. 이 두 연대장의 작전기간인 1948년 10월부터 1949년 3월까지 6개월 동안에 전체 희생의 80% 이상을 발생시켰기 때문이다.

■ 그러나 최종 책임은 이승만 대통령에게 돌아갈 수밖에 없다. 이승만 대통령은 계엄령을 선포하고, 1949년 1월 국무회의에서 “미국 측에서 한국의 중요성을 인식하고 많은 동정을 표하나 제주도, 전남사건의 여파를 완전히 발근색원(拔根塞源)하여야 그들의 원조는 적극화할 것이며 지방 토색(討索) 반도 및 절도 등 악당을 가혹한 방법으로 탄압하여 법의 존엄을 표시할 것이 요청된다”고 발언하며 강경작전을 지시한 사실이 이번 조사에서 밝혀졌다. 

■ 이 보고서는 다각적인 노력에도 불구하고 4‧3사건의 전체 모습을 드러냈다고 볼 수 없다. 경찰 등 주요기관의 관련 문서 폐기와 군 지휘관의 증언 거부, 미국 비밀문서 입수 실패 등은 아쉬움으로 남는다. 정부는 이 불행한 사건을 기억하고 교훈으로 삼아 다시는 이러한 비극이 일어나지 않도록 노력을 해야 할 것이다. 특히 국가 공권력에 의해 피해를 입은 희생자와 그 유족을 위로하고 적절한 명예회복 조치를 취할 것을 기대한다.